Химическая защита крыш необходима в регионах с высокой концентрацией в воздухе химически активных веществ. Химическая защита заключается в подборе материалов, стойких к химическим веществам. Это особенно касается кровельных покрытий, которые непосредственно контактируют с наружным атмосферным воздухом.

Биологическая защита конструкций заключается в обработке конструкций веществами, которые препятствуют появлению грибковых и плесневых наслоений, а также защищают от повреждения насекомыми несущие элементы крыши. Особенно страдают от этих поражений деревянные конструкции крыши. К основным грибным поражениям деревянных конструкций относят: гниль, плесень, синеву, покраснение, побурение, трухлявину. Чтобы избежать грибных поражений, древесину обрабатывают токсичными для грибов веществами — антисептиками. Существует много способов пропитки ими древесины. Наиболее простой способ антисептирования — нанесение антисептика на поверхность кистью, опрыскивателем или кратковременным погружением древесины в раствор.

Для антисептирования древесины употребляют водорастворимые антисептики в виде водных растворов различной концентрации или в виде антисептических паст.

Как материал для антисептических работ можно использовать фтористый натрий технический, кремнефтористый натрий, а также пасты экстрактовые, глиняные или битумные.

Фтористый натрий технический представляет собой порошок белого или светло-серого цвета, предельная растворимость в горячей воде которого составляет 3,5-4 %. Легко проникает в древесину, не разлагается, слабо вымывается, не имеет запаха. Является довольно сильным антисептиком, не корродирующим  металл.

Кремнефтористый натрий — белый или светло-серый порошок с желтоватым оттенком. По антисептическим свойствам близок к фтористому натрию. Растворимость в воде небольшая: при температуре 17 *С - 0,65 % и при 100 *С - 2,4 %. В большинстве случаев применяется с добавлением кальцинированной соды. В этом случае происходит химическая реакция с образованием в растворе чистого фтористого натрия. Довольно эффективным средством, доступным практически каждому, является обработка деревянных поверхностей следующим составом. В крутом кипятке (5 л) растворяют 950 г поваренной сопи и 50 г борной кислоты. Поверхность древесины обрабатывают два-три раза. Угроза появления плесени и гниения при этом значительно снижается, а срок службы древесины увеличивается в два-три раза.

Червоточина — повреждение древесины насекомыми является одним из существенных пороков деревянных конструкций, с которыми следует бороться. Червоточина бывает поверхностной, неглубокой, глубокой и сквозной. Древесину, пораженную насекомыми, использовать для конструкций крыши нельзя. Такую древесину обычно сжигают вдали от мест складирования строительных материалов.